生物安全實驗室建設與規劃至少應遵從以下原則：

一、科學合理的原則

傳染性和致病性再強的病原微生物，只要它不和人體接觸，感染就不會發生。

1．屏障原理  把病原體圍場在一定空間范圍內，使之避免暴露在開放的環境中，操作者間接對其操作(如手套、機械手等)，在圍場內接觸的空氣和水體經過處理后排放。在實驗室內使用的生物安全柜，實驗室設施均屬此類。

2．過濾原理  在圍場(包括安全柜和實驗室)內接觸的空氣均視為污染的有害物質，把實驗室內空氣經過HEPA濾器過濾后或其他凈化后排放，以保護環境。

3．消毒滅菌原理  實驗室污染區和半污染區的一切物品，包括空氣、水體和所有的表面(儀器)等均被視為污染有危害的。所以都要對其消毒處理，特別是對實驗后的廢液，器材和手套務必嚴格處理。廢液廢物在拿出實驗室之前務必徹底滅菌。在實驗完成后撤離實驗室過程中每一步要用有效消毒把好關，以防有害因子的泄漏。

4．個人防護原理：由于屏障的作用不可能是百分之百可靠，萬一操作中有所疏漏也是很危險的，所以要按要求做好個人防護。個人防護要適宜、科學。建議個人防護分三級。一級防護用于BSL-1和BSI．-2，二級防護用于BSI．-3，三級防護用于BSL-4。 

二、安全首位的原則

安全是修造實驗室的直接目的，建造中一切不利安全的設計都應取締，一切與生物安全有沖突的參數設計都應服從安全的要求。例如：凈化要求要服從安全，使用方便服從安全，節約服從安全，人性化服從安全。

三、軟件在先的原則

修造實驗室前做好對擬從事的病原微生物和研究內容的危險評估，一定要有科學、合理的總體構思和概念設計。在此基礎上要根據操作過程的梗概進行平面布局工藝設計，然后再進行空調通風和電控等的具體設計。

四、管理嚴格的原則

一定要按照國務院發布的《病原微生物實驗室生物安全管理條例》進行管理。這個條例對致病微生物的管理原則是：病原微生物是分類管理，實驗室是分級管理。

五、遠離病原的原則

修建實驗室是為了研究致病微生物和高致病微生物，必要的實驗必須在實驗室內進行。但是，非必要的時候盡可能少接觸病原體或少進實驗室。例如，能在半污染區做的不進污染區；能在清潔區做的不進半污染區；進實驗室2人能完成不用3人；無關人員不進實驗室。使用實驗室后應及時凈化處理和滅菌，不要存留污物。不用的需要保存的菌(毒)液應送到保藏機構保存。 

六、預防為主的原則

從事病原微生物實驗活動，對實驗室感染應采取預防為主的原則，要把握三個環節，即：

1．實驗室要使用經過生物和物理的檢測并且合格的安全柜、排風過濾器和高壓蒸汽滅菌器，確保達到零泄漏。

2．通過對實驗過程的安全監測，發現問題要及時采取預防和改進措施。

3．發現有實驗室感染的征兆，要及時采取隔離治療措施，以防止出現二代病例。

七、使用方便的原則

實驗室建造在保證安全的前提下，應考慮工作過程中活動合理方便的問題。所以在制定方案時應該征求使用人的意見。

八、厲行節約的原則

在保證安全的前提下，應提倡節約的原則。保證安全的尺度是國標(GBl9489—2004)。安全性能要可靠，一切都要嚴格，講究實質，功能齊全，合乎要求，但不求豪華。